Cílem této metodiky je zjednodušení klasického šlechtitelského procesu s využitím molekulárních markerů pro selekci vhodných jedinců již v raných fázích vývoje. Selekce pomocí molekulárních markerů umožňuje precizně určit požadované znaky hybridních semenáčků několik let před tím, než by bylo možné jejich hodnocení podle fenotypu v polních podmínkách. Dále umožňuje včasnou detekci hromadění různých genů rezistence v jednom genotypu a snižuje počet generací nutných pro obnovení genotypu kulturního druhu po křížení s exotickým genotypem nebo planým druhem. Srovnání „novosti postupů“ Metodika, která by souhrnně popisovala celý proces selekce jabloní s využitím moderních molekulárních metod v raných fázích vývoje, nebyla dosud v České republice vydána.